يعمل المركز على أساس غير ربحي بحيث تغطي إيراداته مصروفات تشغيله بشكل يحافظ على مستوى عال من الخدمة. وتعد الروافد التالية أهم موارده:

• تبرعات المحسنين بكفالة مريض أو أكثر من مرضى الفشل الكلوي.
• الرسوم التي يدفعها القادرون ماديا من المستفيدين من خدمات المركز.
• دخل ما قد يوقفه المحسنون لصالح تشغيل المركز.
• دخل تأجير مساحات من المركز.
• التزام جمعية البر بجدة بسداد أي عجز قد يطرأ في ميزانية المركز.

ويعد مركز عبدالكريم بكر الطبي لغسيل الكلى مثالاً حياً لبرامج خدمة المجتمع والتكافل الاجتماعي والصحي بين المواطنين. وقد صدرت فتوى من سماحة المفتي العام للمملكة برقم ١٤٧/ش/٢٧ وتاريخ ٠١/٠٩/١٤٢٧هـ مفادها أنه يجوز استقطاع جزء من زكاة المال وتخصيصها لمساعدة المحتاجين والمرضى، ومن ضمنهم مرضى الفشل الكلوي.